L'organisation technique de la pêche diffère d'un pays à l'autre. A Bujumbura c'est surtout les appollos et les catamarans motorisés et non motorisés; à Uvira tandis que les porte-filets et les pirogues porte-lampes s'associent pour former les unités catamarans mais à Bukavu se sont les trimaran et les filets qui font la pêche. L'absence ou l'insuffisance de contrôle par les instances administratives habilitées entraine un développement considérable des techniques et activités de pêche non autorisées. Le manque d'engagement effectif en faveur d'une coopération entre les Etats riverains pour une conservation et une exploitation rationnelle et durable des écosystèmes aquatiques freine le démarrage d'un développement effectif de la pêche.