Les rejets sauvages solides et liquides qui s'y déversent quotidiennement auraient un impact sur la prolifération bactérienne le long de la rivière Nyamuhinga. Pour évaluer la qualité de ses eaux 5 sites repartis sur le tronçon situé entre le cimetière de Musigiko en amont et le pont de Kazingi en aval ont été choisis. Des échantillons ont été prélevés pendant 7 mois en couvrant deux saisons de l'année. 13 paramètres physico-chimiques étaient étudiés ainsi que les germes facaux ont été identifiés après essai et cultures au laboratoire.

L'analyse des résultats a montré une influence et différence significatives des DB05, conductivité, Oxygène dissous ainsi que des germes facaux selon que les sites étaient soit non pollués ou l'inverse. L'influence des activités anthropogéniques (évacuation des eaux usées, des fosses septiques, des carrières de pièrres...) sont certes sur la rivière. La partie de la rivière Nyamuhinga qui traverse les agglomérations est effectivement polluée et influence par conséquent la qualité de l'eau du lac Kivu.