La rivière Nyamuhinga connait un problème est moins étudiée et sa biodiversité et la qualité de l'eau ne sont pas bien connues. Pour arriver à comprendre le fonctionnement de cet écosystème, l'analyse des paramètres physico-chimiques, l'inventaire des algues benthiques et la détermination de la qualité sur base des genres indicateurs de la pollution ont été fait. 54 genres regroupés en 6 familles (Bacillariophyceae, Cyanophyceae, Chlorophyceae, Desmidiaceae, Cryptophyceae et Eugleunophyceae) ont été identifiés au cours de cette étude. Quant à la physico-chimie de l'eau, le pH était autour de 6 et 6,5; la t° moyenne de 22,4; la conductivité moyenne de 514;2µs/cm et les nutriments étaient en moyenne faibles. La pollution, bien que faible, est d'origine organique que chimique dans cette rivière.